Juneau est, à l’origine, un site de pêche pour les Indiens Tinglit. Le site a attiré l’attention des envahisseurs lorsque ceux-ci leur présentèrent de l’or à la fin du 19e siècle. 

 

Georges Pilz finança les prospecteurs Richard Harris et Joseph Juneau en août 1880. Ils ont trouvé de l’or sur le site de la ville de Juneau en octobre et c’est à ce moment que la ville est née.

 

Juneau a d’abord eu un essor très important grâce à l’exploitation de l’or, puis est devenue un centre d’exploitation de roche dure lorsque le minerai précieux s'est rarifié. Trois grandes usines ont été créées, soit l’Alaska Juneau à l’extrémité sud de la ville, l’Alaska Gastineau à Thanse (au sud-est) et la Tradwell sur l’île Douglas. Cette dernière avait une renommée mondiale. Elle a eu son pic en 1915 et l’exploitation prit fin en 1917 lorsque trois de ses quatres mines s’effondrèrent. L’Alaska Gastineau a fermé en 1921 et l’Alaska Juneau en 1944 étant donné des coûts de production trop élevés.

 

Juneau devint la capitale de l’Alaska en 1906. Le gouvernement fut transféré de Sitka, l'ancienne capitale de l'Alaska russe, d’abord pour des raisons politiques. Il fut également transféré pour des raisons administrative : en effet, Juneau étant en expansion et la ville avait besoin de structures administratives à proximité.

 

Aujourd’hui, la moitié des travailleurs sont des fonctionnaires, soit fédéraux, étatiques ou municipaux. Le tourisme est le principal employeur privé, suivi de la pêche commerciale et de l’exploitation minière.